1° Temporada

1."Lo Desconcertante de lo Nuevo"
Emma huye de unos misteriosos agentes gubernamentales cuando es rescatada por una mujer que puede saltar grandes distancias y por un hombre capaz de controlar su propia densidad corporal. Ambos le piden que se una a un grupo llamado Mutant X, formado por personas con superpoderes que están intentando salvar a Brennan, un mutante que puede generar electricidad....

2."Grito a un Cuerpo Electrico"
Brennan intenta escapar de su cárcel, pero es capturado de nuevo. Eckhart decide entonces colocarle un aparato que le impide usar sus poderes. Brennan se une a Thorne con el fin de localizar a Ruby, que no tiene más remedio que revelar donde está el cuartel general de los Nuevos Mutantes....

3."Ruleta Rusa"
Brennan y Jesse acuden a ayudar a Tina, una adolescente con poderes telequinéticos que está siendo perseguida por dos rusos. El segundo de ellos logra rescatar a la chica pero los rusos disparan a Brennan con una extraña pistola que le deja incapacitado. Poco después descubren que el arma sirve para detectar y neutralizar a los mutantes, y que incluso puede llegar a matarlos....

4."Loca de Amor"
Shalimar recibe el encargo de encontrar a otra mutante llamada Donna, pero ésta decide rechazar el ofrecimiento de unirse a Mutant X. Poco después, la muchacha enloquece, agrede a una persona y desaparece. Mientras investiga en el departamento de Donna, Shalimar encuentra allí a otro mutante, Richard Saunders, de quien se enamora inmediatamente....

5."Kilohercio"
Un nuevo mutante tiene el poder de interceptar emisiones televisivas a escala nacional, y tanto la GSA como el grupo Mutant X parten en su búsqueda. La organización de mutantes consigue adelantarse, evitando de esta forma que Renfield, un joven agente mutante de la GSA, atrape al chico. Mientras, el recién llegado a Mutant X comienza a decir que va a sumir el mundo en un caos.

6."El significado de la muerte"
Una plaga que provoca que los mutantes pierdan el control de sus poderes y que tengan que ser aislados del resto de sus compañeros, se está extendiendo entre la población mutante. Rick es uno de los primeros en padecerla, y Adam y Shalimar contactan con Charles Marlowe, un mutante con el poder de la invulnerabilidad, con la intención de que les ayude a vencer la misteriosa infección.

7."Fusible fundido"
Ashley y su novio Eric huyen de un cazador de recompensas llamado Cross. La muchacha tiene el poder de extraer y acumular energía eléctrica, por lo que, cuando Mutant X detecta su potencial, intentan captarla antes de que se ponga en peligro enfrentándose a Cross. Eric, sin embargo, es atrapado, y la mutante decide liberarlo sin ninguna ayuda.

8."En presencia de mis enemigos"
Jesse está enamorada de Toni, una mutante experta en informática. Eckhart decide eliminar a Toni y para ello contrata a Kendra, quien secuestra a la joven. Mientras investigan el caso, los miembros de Mutant X descubren que las habilidades con los ordenadores de la chica pueden ser muy valiosas a la hora de destruir los sistemas informáticos de Eckhart.

9."El crimen del nuevo siglo"
Joshua, un mutante recién descubierto que posee habilidades piroquinéticas incontrolables, es secuestrado en su propia casa. Adam sabe que la madre del joven es también una mutante, con poderes de telepatía, y él y Emma viajan hasta el lugar de los hechos para investigar el secuestro. No tardan en descubrir que la responsable del delito es la madre del chico.

10."Nace una Estrella Negra"
Shalimar persigue a unos terroristas que resultan ser fieles pertenecientes a la extinta Estrella Negra, una organización antiterrorista que fue creada por la Interpol

11."Palidez más Blanca"
Una mutante invisible roba un secuenciador genético en proyecto de un refugio de Mutant-X. Eckhart y Adam tiene un extraño interés por dicha mutante....

12."Doble Visión"
Brennan va en busca de Matty, una antigua amiga que resulta ser una mutante. PEro al llegar descubre que es una trampa, y en una explosión durante la pelea el cuerpo de Emma se divide en dos.

13."Lazos de Sangre"
El padre de Jesse vuelve a la vida el joven mutante para pedirle ayuda frente a a Nexogen, una empresa de clonación

14."Yo alterado"
Una nueva mutante capaz de infectar a la gente tocándola con una toxina que invierte su "compás moral" hace su aparición. A otros mutantes sólo les afecta durante un minuto, pero a la gente normal les dura permanentemente.

15."El síndrome de Lázaro"
Emma y Brennan están en un bar cuando conocen a un atractivo hombre, Caleb. Cuando este intenta absorber la energía vital de Emma, Brennan lo impide. Pronto descubren que Emma no es la primera mutante atacada.

16."Interfaz"
En un vídeo en el que se puede ver a agentes de la GSA capturando mutantes, Emma reconoce a una antigua amiga de la universidad que también era mutante, con el poder de controlar ordenadores con la mente.

17."Presunto culpable"
Adam es acusado de un crimen que no ha cometido después de conocer a Marc Griffin, un mutante con la habilidad de robar la memoria de la gente

18."Un ex marca las reglas"
Un antiguo novio de Shalimar, el mutante Zack Lockhart, se une a MutanteX en una misión que les lleva a intentar robar una fórmula genética secreta.

19."Nada que temer"
Brennan y Shalimar interfieren con un escuadrón de la GSA formado por Nuevos Mutantes, pero tienen que retirarse cuando los poderes de Brennan se vuelven incontrolables.

20."Deseo mortal"
La GSA anda tras la pista de un nuevo mutante , que mata en su huída a uno de sus miembros, e infecta a otro, Ames, con feromonas mutantes que le dejan bajo su irresistible control sexual.

21."Una estirpe aparte"
MutanteX y Genomex son filmados usando sus poderes. Así, tienen que unir fuerzas para destruir la grabación antes de que esta salga a la luz y se descubra la existencia de los mutantes.

22."Bailando sobre la navaja"
Shalimar y Brennan intentan rescatar a un mutante perseguido por la GSA. En la persecución, Shalimar resulta infectada y se sumerge en un coma que le muestra sus peores temores.