2° Temporada

1."El Pasado como Prólogo"
Shalimar, ayudada por Brennan, intenta acabar con Gabriel Ashlocke. Juntos descubren que éste intenta recuperar los restos de un sacerdote egipcio que le ayudará a estabilizar sus genes.

2."Juego de Poder"
Adam envía a Brennan y a Jesse a impedir que un oficial robe un sistema por láser de defensa. Sin embargo, la misión falla y Jesse tiene un accidente que desestabiliza su estructura molecular.

3."El Tiempo Justo"
El grupo persigue a Gabriel Ashlocke hasta un hospital psiquiátrico, pero éste consigue escaparse a través del tiempo viajando hasta el año 1978, donde intenta curarse a así mismo de su dolencia.
4."Me imagino de quien son estos bosques"
Brennan y Shalimar son enviados a unos bosques para investigar las muertes de excursionistas de la mano de lo que Adam cree un mutante. Todo empeora cuando Shalimar es infectada por este nuevo mutante

5."El Futuro Revelado"
Gabriel Ashlocke consigue entrar junto a su aliada Kim en el Santuario de MutanteX gracias a su unión telepática con Shalimar. Su propósito es obligar a Adam a que le cure de su dolencia.

6."Ningún Soldado será Dejado atrás"
Un avión militar es derribado en territorio enemigo, y los héroes de MutanteX se desplazan hasta el lugar del accidente para recuperar un arma secreta del gobierno que había dentro del vehículo.

7."Encrucijadas del Alma"
Cuando Brennan queda atrapado dentro de una ciudad invisible, el resto de sus amigos de MutanteX intentan sacarlo de allí antes de que sea ejecutado por un crimen que no ha cometido

8."Una Señal de Arriba"
Los nuevos mutantes descubren que están siendo implacablemente perseguidos por un grupo de alienígenas que quieren capturar ejemplares para llevárselos con ellos fuera de la Tierra.

9."Cuerpo y Alma"
Un nuevo mutante capaz de dar saltos de altura descomunal usa sus habilidades para vengarse de Genomex y los tres científicos que, experimentando con él, le impidieron llevar una vida normal.

10."La Suplente"
Cuando Shalimar enferma, el equipo decide recurrir a una sustituta que ocupe su lugar temporalmente. Los problemas llegan cuando ésta decide que quiere quedarse en en MutanteX de forma definitiva.

11."El Timo"
Una antigua pareja de Brennan que se remonta a cuando el héroe se dedicaba al espectáculo llega hasta MutanteX pidiendo ayuda. Además, tiene una sorpresa: asegura que Brennan es padre de su hijo.

12."Donde el Destino Acaba"
Emma es la única persona dentro de MutanteX que puede realizar una misión: introducirse sin ser descubierta en el seno de un grupo de eco-terroristas, cuyo jefe también es un émpata.

13."Entre Estas Paredes"
Un nuevo mutante de tendencias psicópatas escapa de prisión y decide ir en busca de Adam, buscando venganza por un hecho del pasado que el jefe de MutanteX había mantenido en secreto.

14."Un Mal Rato"
Jesse y Brennan intentan introducirse en una prisión para investigar una trama de la que han sido informados: entre los presos se organizan competiciones de lucha similares a las de los gladiadores.

15."Al Amparo de la Guerra"
Adam es el objetivo de una liga de hombres integrada exclusivamente por asesinos. Después de que el primer intento de asesinato se frustre, Adam envía a Shalimar a infiltrarse en el enigmático grupo.

16."Inspección"
El equipo debe encargarse de proteger a una importante testigo de la defensa de un juicio contra un Nuevo Mutante. Éste tiene el poder de proyectar sus sentidos a través de otras personas.

17."Juicio Final"
Adam es enjuiciado por supuestos crímenes contra la humanidad por un extraño y misterioso juzgado. Consciente de la falsedad de la acusación, moviliza a MutanteX para que demuestren su inocencia.

18."Infierno"
El grupo MutanteX comienza a rastrear a un peligroso mutante pirómano, pero la búsqueda se complica cuando Emma es poseída por el espíritu de su víctima más reciente, que exige venganza.

19."Un Paso más Cerca"
El equipo de mutantes recibe el encargo de proteger a la hija de un senador, pero los poderes de Brennan se descontrolan repentinamente, poniendo en peligro el resultado de la misión.

20."Vuelta a la Realidad"
Un nuevo mutante con la habilidad de manipular las mentes y percepciones de quienes le rodean quiere localizar el Santuario. Para ello, captura a Shalimar y siembra el desconcierto en el grupo.

21."El Despertar"
El grupo de mutantes viaja hasta una zona petrolífera para enfrentarse a un humanoide prehistórico que ha sido reanimado, y que esta poniendo en peligro la supervivencia de toda la humanidad.

21."Quien Contra Monstruos Lucha"
El padre de Shalimar está involucrado en un plan de desarrollo genético de alto secreto. El equipo comienza a a investigar y descubre que uno de sus ayudantes tiene peligrosos planes.