3° Temporada

1."En la Noche sin Luna"
Después del desastre, el equipo de MutanteX tienen que afrontar la muerte de uno de sus compañeros, la desaparición de otro, el regreso de Mason Eckhart y la llegada de un nuevo y misterioso mutante.

2."La Paga del Pecado"
MutanteX debe intentar detener la subasta ilegal de una sustancia altamente letal que una buen número de líderes terroristas internacionales están intentando adquirir a cualquier precio.

3. "Legado de Sangre"
El equipo de MutanteX es enviado en una nueva misión a una base militar completamente aislada del exterior. Al parecer, la zona ha sido infectada con un virus extremadamente contagioso y mortífero.

4. "Donde Reside el Mal"
El equipo de MutanteX debe detener a un asesino en serie que deja aterradoras pistas acerca de la identidad de sus próximas víctimas en forma de retorcidos y enigmáticos rompecabezas.

5. "La Temporada del Cuervo"
Cuado Lexa es inadvertidamente drogada con una sustancia letal e invisible, el equipo de MutanteX debe localizar al responsable para encontrar una vacuna antes de que sea demasiado tarde.

6. "Sombras en la Oscuridad"
El equipo de mutantes tiene una nueva misión: investigar las extrañas actividades que están ocurriendo en un hospital local, y para las que nadie parece encontrar una explicación razonable.

7. "La Mano de Dios"
El equipo de MutanteX se embarca en una misión en la que tienen que localizar y capturar a un mutante extremadamente poderoso que tiene habilidades que le aproximan a las características de un dios.

8. "Tierra Hierma"
Jesse se ve obligado a volver a contactar con su antigua novia cuando el equipo de MutanteX descubre que la compañía que dirige está involucrada en una trama de manipulación genética.

9. "Sin Salida"
Un mutante de poderes cibernéticos que quiere vengarse de MutanteX se infiltra, gracias a sus habilidades, en el sistema de seguridad del Santuario. Desde allí, planea derrotar a sus enemigos.

10. "Amor Fraternal"
El equipo de MutanteX descubre nuevos detalles acerca del enigmático hermano mellizo de Lexa cuando se convierte en el principal objetivo de una operación encubierta de tráfico de órganos mutantes.

11. "Posibilidades"
Brennan y el equipo de MutanteX unen fuerzas junto a un mutante con el poder de viajar en el tiempo para enfrentarse a un objetivo común: desactivar una bomba que puede explotar en cualquier momento.

12. "La Teoría de la Conspiración"
Mientras Brennan y Shalimar investigan un accidente de avión acontecido en circunstancias misteriosas, Lexa reflexiona acerca de su papel en Mutante X y de su permanencia en el grupo de héroes.

13. "El Arte de la Abstracción"
Mientras el equipo de Mutante X lucha para recuperar una fórmula escondida en una colección de obras de arte, Shalimar recibe información de importancia vital desde una fuente desconocida.

14. "Una Vida Normal"
Mutante X sigue la pista a un científico renegado, mientras Shalimar deja el grupo para ayudar a Adam a salvar al científico y descubrir bajo qué identidad se esconde el auténtico villano.

15. "Lealtades Divididas"
Brennan se ve forzado a volver a su pasado como criminal cuando el resto de MutanteX descubre que su antiguo compañero está involucrado en el robo de varios documentos de alto secreto.

16. "La Edad de la Inocencia"
MutanteX descubre un viejo experimento militar acerca de un suero para hacer retroceder la edad de quien lo toma, y descubren que el abuelo de Jesse es uno de los sujetos con los que se experimenta.

17. "Desatada"
Cuando descubren que su compañera Lexa es el conejillo de indias de un experimento encubierto que la está controlando sin que ella se dé cuenta, MutanteX comienza la búsqueda del responsable.

18. "Enmedio"
Cuando la vida de Jesse está pendiente de un hilo, Brennan conecta con él y lo guía a través de los recuerdos que ambos comparten para que salve su vida recomponiendo el puzzle de su pasado.

19. "La Amante Perfecta"
MutanteX se lanza a la búsqueda de un científico del que sospechan que está clonando a mujeres para usarlas como esclavas en un exclusivo club sólo para importantes hombres de negocios.

20. "La profecía"
Brennan combate con un Guardián de la Profecía con el fin de detener el último plan que tramó el malvado mutante Ashlocke antes de morir para conseguir la dominación mundial desde la tumba.

21. "El Circo de las Maravillas"
Las sospechas de Lexa llevan al equipo MutanteX a destapar un campo de concentración móvil, que viaja oculto como un circo para refugiados mutantes, y también para enemigos del grupo.

22. "El asalto"
El equipo de MutanteX devela muchos de los misterios que les rodean cuando el Dominio logra, tras una serie de fallidos intentos, capturar a dos de sus miembros más importantes: Lexa y Jesse.